Lyon, au confluent du Rhône et de la Saône, possède un réseau d'assainissement géré par la Métropole de Lyon, totalisant plus de 3 000 km de canalisations. Le réseau est mixte : unitaire dans le centre historique (Vieux Lyon, Presqu'île, Croix-Rousse) et séparatif dans les quartiers plus récents (Confluence, Part-Dieu, Gerland). Cette dualité crée des enjeux spécifiques, notamment lors des épisodes de crues du Rhône et de la Saône.
Le patrimoine architectural lyonnais, classé UNESCO, impose des contraintes particulières pour les travaux d'assainissement. Les traboules du Vieux Lyon, les caves voûtées de la Presqu'île et les immeubles canuts de la Croix-Rousse nécessitent des interventions minutieuses sur des réseaux parfois séculaires. Le diagnostic assainissement lors des ventes révèle un taux de non-conformité de 25-30 % dans le Vieux Lyon et les pentes de la Croix-Rousse.
La Métropole de Lyon a engagé un vaste programme de réhabilitation de son réseau d'assainissement (projet « Grand Lyon Assainissement 2030 ») avec un investissement de 200 millions d'euros sur 10 ans. Ce programme vise à réduire les déversements d'eaux usées non traitées dans le Rhône et la Saône, et à préparer le réseau aux épisodes climatiques de plus en plus intenses.